وی در ۱۳۱۵ در شبستر زاده شد و در ۱۴ سالگی از تبریز به قصد تحصیل، راهی حوزه علمیه قم می‌شود.

دوران تحصیل وی در حوزه قم، حدود هجده سال طول کشید. در این دوران وی علاوه بر فراگیری مقدمات علوم اسلامی، تحصیلات و مطالعات خود را در رشته‌های : ادبیات عرب، فقه، اصول، فلسفه، کلام و تفسیر ادامه داد. او سطوح حوزوی را در حدود هشت سال گذراند و پس از آن در دوره‌های درس خارج فقه و اصول اساتید و مراجع وقت شرکت کرد.



او خود میگوید: «در سالهای پایانی دوره تحصیلم در قم، نشریاتی، منتشر می شد و در آن نشریات، سعی می شد، معارف اسلامی به صورت قابل قبول، برای نسل تحصیل کرده مملکت عرضه شود که معروفترین آنها ، مجله مکتب اسلام و فصلنامه و سالنامه مکتب تشیع بود و من عضو هیئت تحریریه مجله مکتب اسلام بودم.»

وی در سالهای پس از انقلاب از جانب مردم زادگاهش شبستر برای نمایندگی در مجلس قانونگذار انتخاب شد. اما پس از اتمام دوره اول مجلس، از سیاست دست شست و پس از آن، بیشتر به تدریس در دانشکده الهیات دانشگاه تهران و ادامه مطالعات شخصی‌اش پرداخت.

ر سال ۱۳۸۵ برخی از استادان دانشگاه تهران بازنشسته شدند که محمد مجتهد شبستری نیز یکی از آنها بود.

در سال ۱۳۸۶ مقاله او با عنوان « قرائت نبوی از جهان »در شماره ۶ فصلنامه مدرسه چاپ شد و نظرات گوناگونی را برانگیخت، بسیاری آن مقاله را موجب توقیف نشریه مدرسه می‌دانند.

دانلود کتاب اندر باب اجتهاد

دانلود مجوعه ی کامل تئوری قرائت نبوی از جهان

دانلود کتاب ایمان و آزادی

دانلود کتاب تاملاتی از قرائت انسانی از دین

دانلود کتاب نقدی بر قرائت رسمی از دین

دانلود کتاب سنت و سکولاریزم